Mikołaja z XV wieku w mieście Kiliya jest rzadkim typem kościelnej budowli półpodziemnej w kraju. Władze tureckie zabroniły prawosławnym budowy kościołów przekraczających wysokość meczetów, dlatego cerkiew św. Mikołaja została zagłębiona w ziemię o 2,1 metra. Do wnętrza kościoła, zbudowanego z ciosanego wapienia, prowadzą schody o siedmiu stopniach. Kościół był wielokrotnie przebudowywany, dwukrotnie był niszczony przez Turków. W 1891 r. dobudowano murowaną trójkondygnacyjną dzwonnicę, której fasady utrzymano w stylu architektury rosyjskiej z XVII wieku, po czym cerkiew nabrała nowoczesnego wyglądu. W czasie walk antyreligijnych na początku lat sześćdziesiątych XX wieku kościół zamieniono na magazyn na prawie 30 lat.
Z pomocą Towarzystwa Odrodzenia Kościoła św. Mikołaja rozpoczęto odbudowę kościoła i 2 sierpnia 1993 r. odbyła się pierwsza Boska Liturgia. W świątyni zachowała się ikona Matki Bożej Jerozolimskiej, działa szkółka niedzielna, a nabożeństw towarzyszą starsze i młodsze chóry kościelne.