Kościół Narodzenia Najświętszej Marii Panny jest jednym z trzech kościołów w Wilkowo, położonym w centrum miasta. Kościół został zbudowany w 1855 roku na potrzeby wspólnoty staroobrzędowców Lipowan, zwolenników dwupalczastych. W 1873 roku do głównego budynku dobudowano dzwonnicę o wysokości 32 metrów z sześcioma dzwonami. We wrześniu 1962 roku na polecenie władz państwowych kościół został oficjalnie zamknięty i przekazany na magazyn rybny. W lutym 1980 roku w kościele wybuchł pożar, który zniszczył znaczną część zabudowy.
W 1990 r. grupa inicjatywna parafian otrzymała zgodę Rady Miejskiej na odrestaurowanie świątyni. 21 września 1993 roku rozpoczęła się tu stała posługa. Dzwonnicę zdobił dwutonowy dzwon, na którego wykonanie zbierano prywatne datki, odlany w 2003 roku przez Artema Egoyana, który wcześniej wykonał dzwonnicę dla Kościoła św. Chrystusa Zbawiciela w Moskwie. Z dzwonnicy roztacza się piękna panorama miasta, rzek i kanałów.