Klasztor został założony w 1627 roku jako obronny. Fundatorami klasztoru i kościoła bernardynów byli książęta zbarażowi. Bernardyni pojawili się pod Zbarażem w 1627 r. na zaproszenie księcia Jerzego Zbarażskiego, kasztelana krakowskiego. Wybudował dla nich drewniany klasztor i rozpoczął budowę murowanego kościoła i klasztoru.
Budowę kościoła rozpoczęto w 1627 roku, a ukończono 10 lat później staraniem księcia Janusza Wyszniewieckiego i jego żony Eugenii. W 1637 r. księżna Wiszniewiecka podpisała akt erekcyjny klasztoru. W czasie wojen kozackich klasztor ocalał, choć był mocno zniszczony. W 1675 r. zdobywcy tatarscy i tureccy zniszczyli kościół i klasztor, a dopiero w 1723 r. z pomocą Józefa i Stanisława Potockich majestatyczny kościół św. Antoniego, który przetrwał do dziś. Konsekracja odbyła się 2 sierpnia 1755 r. W 1755 klasztor przebudowano w stylu renesansowo-barokowym. We wnętrzach zastosowano tzw. „malarstwo iluzoryczne”. Częściowo zachowane ołtarze z dekoracją rzeźbiarską z XVIII wieku. (autorstwo A. Osinsky'ego), fragmenty malowideł ściennych z końca XVIII wieku. i XIX art. Z obrazu zachowały się jedynie fragmenty, a także wspaniały rzeźbiony wystrój klasztoru. Klasztor był jednym z najbardziej wpływowych na Podolu aż do czasów Austro-Węgier (1785), kiedy to z rozkazu Cezara placówka została „zeświecczona”. Przy klasztorze działały pracownie filozoficzne, odbywały się kapituły prowincjalne. Od 1768 r. przy klasztorze działał szpital-azyl dla ubogich i chorych, a od 1777 r. szkoła parafialna i gimnazjum łacińskie. Kształcili się tu Ignacy Daszyński (polityk, premier rządu lubelskiego w 1918 r.) oraz arcybiskup Ignacy Tokarczuk, kawaler Orderu Orła Białego.
W czasie wojny ukraińsko-polskiej 1918-1920. klasztor był mocno zniszczony, a już w okresie powojennym popadł w ruinę. Dzwonnica (1746-1755, architekt Johann Ganz) jest częścią zespołu klasztornego Bernardynów. W przeciwieństwie do kościoła dzwonnica nie została uszkodzona podczas pożaru w 1788 roku, dzięki czemu zachowała swoje pierwotne barokowe formy.

Bernardyni powrócili do miasta w 1990 roku. Obecnie świątynia jest stopniowo przywracana do normalności, choć podobno jej piwnice wciąż są pełne kości i czaszek – albo są to „pamiątki” po mnichach minionych wieków, lub późniejszych ofiar reżimów totalitarnych, trudno powiedzieć.