Перша письмова згадка про храм відноситься до 1582 року, у зв'язку з передачею міщанкою Гапкою Табковою у власність Троїцької церкві своєї садиби.
Під час панування у місті турків храм було перероблено на мечеть. На початку XVIII ст. з виходом турків з Кам'янця і встановленням польської влади храм був переданий уніатам. У 1722 році єпископ Атанасій Шептицький передав храм монахам ордену Св. Василія, які заснували при ньому монастир. Офіційною датою заснування вважається 22 травня 1722 р. Орден Василіян діяв при храмі до 1795 року. При ІІ розділі Польщі землі Кам'янеччини були анексовані Росією. Разом з цим храм було переосвячено у православний.
У 1935 році у рамках боротьби радянського уряду із релігією храм було розібрано.
3 березня 1995 р. почалася віднова храму. Були проведені розкопки і дослідження фундаментів храму. 23 вересня 1996 р. кардинал Любомир Гузар заснував монастир. За п'ять років василіяни повністю закінчили відтворення будівлі та оздоблення храму і прилеглої території.
10 липня 2010 року Храм Пресвятої Трійці освятив Василій Семенюк — єпископ Тернопільсько-Зборівський, УГКЦ. Архітектором, який розробив проект відновлення храму, є Володимир Бевз.
На церковному мурі – мозаїчний триптих: Богородиця з архангелами Гавриілом і Михаілом, які захищають місто.
Pierwsza pisemna wzmianka o koś ciele pochodzi z 1582 roku, w zwią zku z przeniesieniem mieszczanina Gapki Tabkova na wł asnoś ć koś cioł a Tró jcy Ś wię tej w jego mają tku.
Podczas panowania tureckiego w mieś cie ś wią tynia został a zamieniona na meczet. Na począ tku XVIII wieku. wraz z wycofaniem się Turkó w z Kamień ca i ustanowieniem panowania polskiego koś ció ł został przekazany unitom. W 1722 r. biskup Atanazy Szeptycki przekazał cerkiew mnichom z Zakonu Wasyla Bł ogosł awionego, któ rzy zał oż yli w nim klasztor. Oficjalna data zał oż enia to 22 maja 1722 r. Zakon bazylianó w dział ał przy koś ciele do 1795 r. W czasie II rozbioru Polski ziemie kamieniecko-podolskie został y zaanektowane przez Rosję . W tym samym czasie koś ció ł został ponownie konsekrowany na cerkiew prawosł awną.
W 1935 r. w ramach walki wł adz sowieckich z religią koś ció ł został rozebrany.
3 marca 1995 r. rozpoczę to odbudowę koś cioł a. Prowadzono wykopaliska i badania fundamentó w ś wią tyni. 23 wrześ nia 1996 r. klasztor ufundował kardynał Lubomir Husar.
W cią gu pię ciu lat bazylianie cał kowicie ukoń czyli odbudowę budynku i dekorację ś wią tyni i okolic.
W dniu 10.07. 2010 r. konsekrację cerkwi Ś wię tej Tró jcy dokonał Wasyl Semenyuk, biskup Tarnopol-Zboró w UKG. Architektem, któ ry opracował projekt renowacji koś cioł a, jest Woł odymyr Bevz.
Na ś cianie koś cioł a mozaikowy tryptyk: Matka Boska z archanioł ami Gabrielem i Michał em, któ rzy strzegą miasta.