Klasztor został założony w latach 1672-1688 (według innych źródeł - w drugiej połowie XVI wieku). na wyspie utworzonej przez rzeki Starą i Nową Samarę. Kozacy zbudowali tu twierdzę z kościołem św. Mikołaja, szpital i mieszkanie dla chorych i starszych Kozaków.

Klasztor był najważniejszym sanktuarium Kozaków, był zależny od Siczy Zaporoskiej i kontrolowany przez Sicz Kosz i był uważany za wojskowy. Klasztor okazał się niezawodną placówką Kozaków w wojnach rosyjsko-tureckich z lat 1735-1739 i 1768-1774. Podczas ostatniej z nich klasztor schronił wielu jeńców Tatarów i Turków. Traktowano ich tak dobrze, że wielu z nich zostało ochrzczonych w klasztorze, a niektórzy po zakończeniu wojny zostali mnichami.

W latach 1782-1787. wzniesiono tu kamienny kościół ołtarzowy. Klasztor, jako najbliższy Jekaterynosławowi, od 1791 r. został mianowany siedzibą biskupów (dom biskupów podmiejskich). Główne sanktuaria to Achtyrka Ikona Matki Bożej, zwana „Samarską” oraz ikona św. Mikołaj Cudotwórca. Świątynie: Nikolaevsky z kaplicą św. Kirika i Julita; Krzyż w komnatach biskupich. Klasztor posiadał szkołę dla chłopców.
Po zwycięstwie władzy sowieckiej klasztor został zamknięty. W latach 30. otwarto w nim dom opieki, potem internat dla osób upośledzonych umysłowo. W 1993 roku parafia została reaktywowana w zabudowaniach klasztornych, a dwa lata później została ponownie otwarta jako klasztor. 12 marca 1998 r. z błogosławieństwem Świętego Synodu UPC klasztor i parafia św. Mikołaja zostały przekształcone w męski klasztor.

Klasztor stoi w pięknym lesie liściastym. Prowadzi do niego całkiem dobra droga. Cudowne powietrze, spokojna cisza czekają na Ciebie, jeśli zdecydujesz się tu przyjechać. Klasztor jest otwarty dla zwiedzających, więc można bezpiecznie wejść na jego teren, odwiedzić świątynię i porozmawiać z opatem klasztoru, Ojcem Dozyteuszem.