Meczet Zayrek jest drugim co do wielkości zabytkiem architektury bizantyjskiej, który przetrwał z Konstantynopola. Kościół składa się z trzech połączonych ze sobą kaplic.
Zespół klasztorny ku czci Chrystusa Pantokratora (kościół, biblioteka, szpital) został zbudowany na polecenie króla bizantyjskiego Jana Komnenosa i jego żony Iriny w pierwszej połowie XII wieku. Pod względem wielkości, piękna i bogactwa klasztor był jednym z najsłynniejszych w Konstantynopolu. Świątynia była również wykorzystywana jako grobowiec dla dynastii Komnenos i Palaiologos.
Po podboju osmańskim kościół Pantokratora stał się meczetem. Został nazwany na cześć uczonego Molla Zeyrka, który osiadł w pobliżu i zorganizował szkołę religijną.
Przez wiele stuleci budowla była praktycznie opuszczona, ale obecnie pozostałości klasztoru są stopniowo odnawiane.