Klasztor Nowodziewiczy Bogoroditse-Smoleńsk został założony w 1524 roku przez wielkiego księcia Wasilija III na pamiątkę powrotu Smoleńska spod władzy litewskiej. Początkowo mury i baszty klasztoru były drewniane, pod koniec XVI wieku wzniesiono mury kamienne z basztami. Za cara Aleksieja Michajłowicza klasztor zamienił się w królewską pielgrzymkę. Za księżnej Zofii Aleksiejewnej zbudowano dzwonnicę, nowe kościoły, refektarz, mieszkania dla księżniczek Marii i Katarzyny, sióstr Zofii. Zespół architektoniczny klasztoru w moskiewskim stylu barokowym (z wyjątkiem starej katedry i murów) znajduje się pod ochroną UNESCO.
Klasztor Nowodziewiczy był przez pewien czas miejscem uwięzienia kobiet królewskich. Tak więc, po dojściu Piotra I do władzy, księżniczka Zofia została uwięziona w klasztorze i tonowana w 1698 roku pod imieniem Zuzanna. Za Piotra II Evdokia Lopukhina, pierwsza żona Piotra I, została przeniesiona tutaj z Suzdalu.
Po dekrecie z 1771 r., który zabraniał pochówku w miastach, na terenie klasztoru powstała szlachecka nekropolia. Na początku XX wieku praktycznie nie było już miejsca na pochówki, a władze miasta wydzieliły działkę poza południową ścianą klasztoru pod cmentarzem Nowodziewiczy.
Po zdobyciu klasztoru przez wojska napoleońskie ustawiono w nim baterię, podczas odwrotu Francuzi podpalili klasztor, ale zakonnice zdołały ugasić pożar. W 1922 r. klasztor został zamknięty, w 1926 r. przekształcono go w Muzeum Gospodarstwa Historycznego i Sztuki. W 1994 roku klasztor ponownie zaczął działać, obecnie znajduje się pod wspólną jurysdykcją Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego i Państwowego Muzeum Historycznego. To jedyny klasztor w Moskwie, który podlega nie bezpośrednio Patriarsze, ale Metropolicie Krutickiemu i Kołomny.