Klasztor Donskoy został założony w 1591 roku na miejscu rosyjskiego obozu wojskowego na cześć cudownego wyzwolenia Moskwy z inwazji krymskiego chana Kazy Gireja. W 1745 roku klasztor stał się stauropegialem - podlega bezpośrednio Patriarsze Moskwy i Wszechrusi.
Na cmentarzu klasztornym - P.Ya. pochowane są wybitne postacie kultury rosyjskiej. Czaadajew, V.O. Klyuchevsky, V.F. Odoevsky, O.I. Bove, AI Sołżenicyn i inni Wszechrosyjski Jego Świątobliwość Patriarcha Tichon, który przebywał w areszcie w klasztorze i zmarł w 1925 roku, został pochowany w Małej Katedrze klasztoru. W klasztornej świątyni Sretensky znajduje się grobowiec gruzińskich królów i książąt.
W 1926 r. klasztor został zlikwidowany, jego pomieszczenia przekazano na muzeum antyreligijne, internat i gospodarstwo mleczarskie. Jeden z kościołów cmentarnych został przebudowany na krematorium. Od 1934 r. w klasztorze mieściło się Muzeum Architektury, do którego sprowadzano do rozbiórki części moskiewskich cerkwi. Obecnie w klasztorze znajduje się 6 płaskorzeźb ze starej katedry Chrystusa Zbawiciela, będącej częścią projektu Bramy Triumfalnej.
Podczas Wielkiej Wojny Ojczyźnianej za pieniądze wierzących i duchownych zbudowano 40 czołgów z imieniem Dmitrij Donskoj na wieżach. Na pamiątkę tego przed klasztorem stoi sprzęt wojskowy - czołg Dmitrij Donskoj, armata i transportery opancerzone.
W 1991 roku klasztor został zwrócony Patriarchatowi Moskiewskiemu. W sumie w zespole klasztornym znajduje się 11 świątyń i kaplica.