Muzeum Archeologiczne Carmo znajduje się wśród ruin dawnego klasztoru karmelitów, na wzgórzu, na które można dostać się windą Santa Justa. Klasztor został zniszczony przez trzęsienie ziemi w 1755 roku, zachowała się jedynie część ołtarzowa gotyckiego kościoła do Carmo. W 1864 roku otwarto tu muzeum, do którego zaczęły napływać artefakty ze stanowisk archeologicznych w różnych częściach kraju. W muzeum można zobaczyć grób królowej Marii Anny Austrii, nagrobek króla Ferdynanda I, rzeźby i ceramikę, mozaiki i monety z XIII wieku, starożytne nagrobki, artefakty z Ameryki prekolumbijskiej, kolekcję broni kamiennej z 101 eksponatów. Przy wejściu do muzeum znajduje się kamień z wygrawerowanym tekstem gotyckim informującym, że papież Klemens VII udziela 40 dni odpustu wszystkim wierzącym chrześcijanom, którzy odwiedzają tę świątynię.