Перший романський храм на цьому місці був побудований у ХІ або у першій половині ХІІ століття і належав бенедиктинцям, про що свідчить булла папи Григорія ІХ 1229 року. У 1467 році костел був переданий Краківській академії. Пізніше будівля була розібрана і на її місці побудований готичний храм. У 1655 році під час шведської навали він був розграбований і спалений.
У 1677-1684 роках був побудований новий костел у стилі бароко. У нішах першого поверху встановлені скульптури святих Петра і Павла. Сучасні інтер’єри походять з другої половини XVIII століття. На початку ХХ століття проведена суттєва реконструкція храму за проектом архітектора Олександра Біборського.
Pierwszy koś ció ł romań ski na tym miejscu powstał w XI lub pierwszej poł owie XII wieku i należ ał do benedyktynó w, o czym ś wiadczy bulla papież a Grzegorza IX z 1229 roku. W 1467 r. koś ció ł przekazano Akademii Krakowskiej. Pó ź niej budowlę rozebrano, a na jej miejscu wzniesiono gotycki koś ció ł . W 1655 r. podczas najazdu szwedzkiego został splą drowany i spalony.
W latach 1677-1684 wybudowano nowy barokowy koś ció ł . W niszach pierwszego pię tra znajdują się rzeź by ś wię tych Piotra i Pawł a. Nowoczesne wnę trza pochodzą z drugiej poł owy XVIII wieku. Na począ tku XX wieku przeprowadzono znaczą cą przebudowę koś cioł a wedł ug projektu architekta Oleksandra Biborskiego.