Дерев’яний костел був побудований у XIV столітті. В I половині XV століття, після пожежі, за розпорядженням короля Владислава Ягелло був побудований готичний костел. Нинішній костел побудований після знесення готичного на кошти Краківської Академії у 1689-1703 роках за проектом Тильмана де Гамерена. Це одна з найкрасивіших барочних будівель Польщі – тринефна базиліка, що покрита циліндричним перекриттям з люнетами і куполом. По обох боках фасаду башти, які увінчані пізньобарочними шлемами за проектом ксьондза Себастьяна Сераковського. Інтер’єр храму прикрашає красивий скульптурний і архітектурний декор Бальтазара Фонтана, а також живописний декор Кароля Данкварта.
В головному олтарі знаходиться картина св. Анни, твір Єжи Елеутера Семигиновського (1699-1703); по боках скульптури святих Станіслава и Войцеха (Б. Фонтана, 1701). В храмі стоїть мавзолей св. Яна Кантського, покровителя Ягеллонського університету, причисленого до лику святих в 1767 р. Олтар виконав Бальтазар Фонтана в 1695-1703 рр. Поряд з мавзолеєм розміщені численні дари і реліквії, наприклад турецькі бунчуки, що добуті у 1683 році під Віднем Яном ІІІ Собеським.
Праворуч від головного входу – меморіальна дошка, яка свідчить, що 8 червня 1997 року римський папа Іоанн Павло ІІ зустрічався тут з польськими науковцями під час святкування 600-ліття теологічного факультету Ягеллонського університету і молився при реліквіях св. Яна Кантського.
Вулиця святої Анни, на якій стоїть костел, доволі вузька, і навіть сфотографувати його у повному обсязі складно.
Drewniany koś ció ł zbudowano w XIV wieku. W pierwszej poł owie XV wieku, po poż arze, z rozkazu kró la Wł adysł awa Jagieł ł y wybudowano gotycki koś ció ł . Obecny koś ció ł powstał po rozbió rce gotyku na koszt Akademii Krakowskiej w latach 1689-1703 wedł ug projektu Tillmana de Gameren. To jedna z najpię kniejszych budowli barokowych w Polsce – tró jnawowa bazylika, nakryta cylindrycznym stropem z lunetami i kopuł ą . Po obu stronach fasady wież y zwień czonej pó ź nobarokowymi heł mami zaprojektowanymi przez księ dza Sebastiana Serakowskiego. Wnę trze ś wią tyni zdobi pię kny rzeź biarski i architektoniczny wystró j Baltazara Fontany, a takż e malowniczy wystró j kró la Dankwarta.
W oł tarzu gł ó wnym znajduje się obraz ś w. Anna, dzieł o Jerzego Eleutera Semiginowskiego (1699-1703); po bokach rzeź by ś wię tych Stanisł awa i Wojciecha (B. Fontana, 1701). W koś ciele znajduje się mauzoleum ś w.
Jan Kantsky, patron Uniwersytetu Jagielloń skiego, został kanonizowany w 1767 r. Oł tarz wykonał Baltazar Fontana w latach 1695-1703.
Na prawo od wejś cia gł ó wnego znajduje się tablica pamią tkowa informują ca, ż e .8 czerwca 1997 r. papież Jan Paweł II spotkał się tu z polskimi uczonymi z okazji obchodó w 600-lecia Wydział u Teologicznego UJ i modlił się przy relikwiach ś w. Jana Kanckiego.
Ulica ś w. Anny, przy któ rej stoi koś ció ł , jest doś ć wą ska i nawet trudno ją w cał oś ci sfotografować .