У цьому костелі формально народилася Річ Посполита – найбільша держава Європи епохи раннього нового часу. Тут у 1386 році хрестився як католик та коронувався польською короною Великий Литовський князь Ягайло. І хоча до створення держави з такою назвою було ще довгих 180 років, саме ця коронація стала першою цеглиною в її побудові. Тут народилася династія Ягеллонів, представники котрої правили крім Польщі також у Чехії та Угорщині.
До Кракова францисканці потрапили у 1237 році з Праги за сприяння чеської дружини князя Генріка ІІ Побожного. Будівництво костелу почалося після татарського набігу в 1241 році. Підтримку францисканцям надавав князь Болеслав Сором'язливий, який частково фінансував його спорудження. Костел освятили у 1249 році.
Потім костел багаторазово перебудовувався після воєн і пожеж. У 1657 -1673 роках до архітектури костелу були додані деякі елементи бароко. Його багате середньовічне оздоблення було знищене під час великої пожежі 1850 року. Після цього костел був відреставрований і дещо перебудований. Та пожежа була однією з найсильніших в Кракові. У ній згоріло 160 будинків, 4 церкви, 3 монастиря і 2 палаци – вогонь знищив майже 10% міста. Окрім житлових і торговельних приміщень були знищені і цінні бібліотеки та твори мистецтва. Відновлювальні роботи в костелі закінчилися тільки в 1912 році.
W tym koś ciele formalnie narodził a się Rzeczpospolita – najwię ksze pań stwo w Europie w epoce nowoż ytnej. Tutaj w 1386 roku wielki ksią ż ę litewski Jagieł ł o przyją ł chrzest katolika i koronował się na koronę polską . I choć minę ł o 180 lat przed powstaniem pań stwa o tej nazwie, koronacja ta stał a się pierwszą cegł ą w jego budowie. Tu narodził a się dynastia Jagiellonó w, któ rej przedstawiciele rzą dzili nie tylko Polską , ale takż e Czechami i Wę grami.
Franciszkanie przybyli do Krakowa w 1237 r. z Pragi z pomocą czeskiej ż ony księ cia Henryka II Poboż nego. Budowę koś cioł a rozpoczę to po najeź dzie tatarskim w 1241 roku. Franciszkanó w wspierał ksią ż ę Bolesł aw Wstydliwy, któ ry czę ś ciowo sfinansował jego budowę . Koś ció ł został konsekrowany w 1249 roku.
Nastę pnie koś ció ł był wielokrotnie przebudowywany po wojnach i poż arach. W latach 1657 -1673 do architektury koś cioł a dodano elementy barokowe.
Jego bogata ś redniowieczna dekoracja został a zniszczona podczas wielkiego poż aru w 1850 roku. Nastę pnie koś ció ł został odrestaurowany i nieco przebudowany. Ale poż ar był jednym z najsilniejszych w Krakowie. Spł oną ł.160 domó w, 4 koś cioł y, 3 klasztory i 2 pał ace – poż ar zniszczył prawie 10% miasta. Opró cz lokali mieszkalnych i uż ytkowych zniszczono cenne biblioteki i dzieł a sztuki. Prace konserwatorskie w koś ciele zakoń czono dopiero w 1912 roku.