Pierwszy kamień przy budowie bazyliki położono w 1594 roku i po 11 latach prace dobiegły końca. Ten okazały i w dzisiejszych czasach budynek został wzniesiony za pieniądze zamożnego szlachcica z kamienia laterytowego, tak licznie występującego w Goa. Teraz bazylika jest najczęściej odwiedzanym kościołem w Goa. Chronione przez UNESCO.

Bazylika ma długość 56 m, szerokość 17 m i wysokość 19 m. Początkowo pokryto ją tynkiem, który usunięto w 1951 r. Od tego czasu słona bryza znad morza niszczy kamień. Chociaż bazylika jest poświęcona Jezusowi Chrystusowi, to ciekawe, że pośrodku ołtarza stoi 3-metrowy posąg Ignacego de Loyla, założyciela Towarzystwa Jezuitów. Stoi w pozie ekstazy i wygląda jak Hindus. Nad IHS przedstawia Trójcę Świętą. Na małym piedestale, u stóp figury Loyli, znajduje się figura małego Chrystusa.
W 1655 roku na prawo od ołtarza głównego dobudowano kaplicę. Mieści się w nim marmurowe mauzoleum w mieszanym stylu indyjskim i włoskim. Pojawił się w 1698 roku po 10 latach pracy florenckiego mistrza Giovanniego Battisty Foginiego. A książę Toskanii Cosimo III zamówił mauzoleum, czyniąc w ten sposób dar dla bazyliki i wiernych. U stóp mauzoleum znajdują się 4 płaskorzeźby z brązu ze scenami z życia Franciszka Ksawerego. Na 4-metrowym szczycie mauzoleum znajduje się srebrna szkatułka inkrustowana klejnotami. Wewnątrz trumny można zobaczyć kryształową urnę. W 1955 r. umieszczono tu relikwie św. Franciszka Ksawerego, które wcześniej przechowywane były w drewnianej urnie. Do urny z relikwiami są trzy klucze: pierwszy jest w posiadaniu arcybiskupa Goa, drugi jest w posiadaniu gubernatora, a trzeci jest w posiadaniu rektora klasztoru.