Храм был построен на участке, приобретённом при участии архимандрита Антонина (Капустина) в 1868 году. Ещё до строительства церкви на купленной земле был построен странноприимный дом для православных паломников, прибывавших в Палестину через порт Яффа, выкопан колодец, посажены плодовые (апельсины, лимоны, маслины, гранаты, смоквы) и декоративные (кипарисы, эвкалипты, сосны) деревья.
Как правило, маршрут таких паломников лежал в Иерусалим через селения Рамле, Лод и Абу-Гош в сопровождении охраны и представителей Русской Духовной Миссии в Иерусалиме, а с 1882 года и Императорского Православного Палестинского Общества. Значимость пристанища для паломников еще более увеличилась после открытия Яффо-Иерусалимской железной дороги.
В строительстве храма, начатом 6 октября 1888 года в присутствии великих князей Сергея и Павла Александровичей и великой княгини Елисаветы Федоровны, принимали участие итальянские мастера и местные жители, иконы писал художник и критик А. З. Ледаков. 16 (28) января 1894 года церковь была освящена патриархом Иерусалимским Герасимом в сослужении митрополита Петра Аравийского и архиепископа Иорданского, а также архимандрита Антонина.
К концу XX -го века храм, как и прочие здания подворья, обветшали. Активные восстановительные работы начались в 1995 году и завершились к 2000 году при игумене Пимене (Хараиме), бывшем ключарём подворья до конца 2010 года.
В ноябре 2008 года сообщалось, что налоговое ведомство Израиля предъявило иск Русской духовной миссии за неуплату налогов на «неиспользуемую землю»; под арестом якобы оказался участок подворья в Яффе площадью 3.2 гектара.
Ś wią tynia został a zbudowana na dział ce nabytej przy udziale archimandryty Antonina (Kapustina) w 1868 roku. Jeszcze przed budową cerkwi wybudowano na zakupionej ziemi hospicjum dla prawosł awnych pielgrzymó w przybywają cych do Palestyny przez port Jaffa, wykopano studnię , drzewa owocowe (pomarań cze, cytryny, oliwki, granaty, figi) oraz drzewa ozdobne (cyprysy, eukaliptusy, sosny).
Z reguł y trasa takich pielgrzymó w wiodł a do Jerozolimy przez wsie Ramle, Lod i Abu Gosz w towarzystwie straż nikó w i przedstawicieli Rosyjskiej Misji Koś cielnej w Jerozolimie, a od 1882 r. Cesarskiego Prawosł awnego Towarzystwa Palestyń skiego. Znaczenie przystani dla pielgrzymó w jeszcze bardziej wzrosł o po otwarciu kolei Jaffa-Jerozolima.
W budowie ś wią tyni, któ ra rozpoczę ł a się.6 paź dziernika 1888 r. w obecnoś ci wielkich ksią ż ą t Siergieja i Pawł a Aleksandrowicza oraz wielkiej księ ż nej Elisavety Fiodorowny, brali udział wł oscy mistrzowie i miejscowi mieszkań cy, ikony został y namalowane przez artystę i krytyka A. Z. Ledakowa. 16 stycznia (28.1894 r. konsekrował cerkiew patriarcha Jerozolimski Gerasim, wspó ł sł uż ą cy metropolita arabski i arcybiskup Jordanii oraz archimandryta Antonin.
Pod koniec XX wieku ś wią tynia, podobnie jak inne zabudowania dziedziń ca, popadł a w ruinę . Aktywne prace restauracyjne rozpoczę ł y się w 1995 r. i został y zakoń czone do 2000 r. pod przewodnictwem opata Pimena (Haraim), któ ry był asystentem koś cioł a do koń ca 2010 r.
W listopadzie 2008 roku doniesiono, ż e izraelski organ podatkowy pozwał Rosyjską Misję Duchową za niepł acenie podatkó w od „nieuż ywanej ziemi”; rzekomo aresztowana był a dział ka zagrody w Jaffie o powierzchni 3.2 ha.