Костел будували одночасно з монастирем для католицьких ченців (тринітаріїв) «Ордена Пресвятої Трійці». Тринітарії після прибуття в Прагу у 1705 р. подали прохання про створення свого конвенту. Отримавши імператорське схвалення, монахи 1708 р. викупили в Празі 4 будинки на території єврейського кладовища, закритого ще в 1478 р. На цьому місці вирішили звести храм. Архітектором вибрали Октавіо Броджі, а головними будівельниками - Криштофа Дінценхофера і Яна Їржі Айхбауера. Основна частина роботи підійшла до завершення в 1712 р. У червні 1713 р. єпископ Данило Йосип Майер провів церковний обряд освячення. Реформами 1783 р. були скасовані конвенція і сама церква Пресвятої Трійці. Лише завдяки протестам віруючих імператор Йосиф II відновив духовний статус храму.
Символіка Трійці проглядається в образі Костелу, починаючи з фасаду, розділеного на три частини (нефи) з трьома вхідними порталами і вікнами над ними. Основний вхід в середньому, головному нефі трохи ширше, на поверх вище і виділяється невеликим ризалітом. Будову вінчає розташований над центральною частиною купол з башточкою, а з боків фасаду височать постаті святих. Над головним входом барельєфний напис 1713 р. нагадує про донаторів (сучасною мовою - спонсорів) костелу.
Праворуч від будівлі, на вулиці, встановлена статуя святого Іоанна Непомуцького 1723 року в сучасній кубістській арці, зліва - статуя святого Юди Тадея 1734 р. Головне надбання і гордість храму - розташовані на стінах безцінні фрески 1778 р. Церковний звід розписував Антонін Шлахтер. Запрестольний образ на вівтарній картині писав Франц Антон Маульберч.
У 1979 р. костел Пресвятої Трійці закрили. Під ним велося будівництво лінії метро, і в зв'язку з підземними роботами стара на той час будівля могла зруйнуватися. Частину начиння і меблів перевезли в сховище, багато було розграбовано.
Після обвалення даху церкви на початку 1990-х років комісія з охорони пам'яток і влада розглядала питання про знесення будови. На радість віруючих і небайдужих городян, храм врятували, а в 1994 р. почалися роботи по реконструкції. Перш відремонтували крокви, дах, відреставрували фасад. Художнім оформленням після відновлення займалися реставратори Славікови. Роботи завершилися у 2004 році, і церкву відкрили для відвідування.
У 2006 році було прийнято рішення костел передати греко-католицькому Апостольському екзархату, щоб створити умови для проведення богослужінь і життя громади. З 2009 р. віруючі з України, Словаччини та інших країн, які проживають в Празі, приходять на служби, збираються на церковні свята. Служби ведуться словацькою та старослов'янською мовами.
Koś ció ł powstał ró wnocześ nie z klasztorem dla zakonnikó w katolickich (trynitarzy) „Zakonu Tró jcy Ś wię tej”. Po przybyciu do Pragi w 1705 trynitarze zł oż yli wniosek o wł asną konwencję . Po uzyskaniu zgody cesarskiej zakonnicy w 1708 r. zakupili w Pradze 4 domy na terenie zamknię tego w 1478 r. cmentarza ż ydowskiego. W tym miejscu postanowili wybudować ś wią tynię . Na architekta wybrano Octavio Broggi, a na gł ó wnych budowniczych wybrano Christopha Dintzenhofera i Jana Jiri Eichbauera. Zasadnicza czę ś ć prac został a ukoń czona w 1712 r. W czerwcu 1713 r. biskup Daniel Joseph Mayer przeprowadził uroczystoś ć konsekracji koś cioł a. Reformy z 1783 r. zniosł y konwencję i sam Koś ció ł Tró jcy Ś wię tej. Dopiero protestami wiernych cesarz Jó zef II przywró cił ś wią tyni stan duchowy.
Symbolika Tró jcy Ś wię tej widoczna jest w obrazie Koś cioł a, począ wszy od fasady podzielonej na trzy czę ś ci (nawy) z trzema portalami wejś ciowymi i nad nimi oknami.
Po zawaleniu się dachu koś cioł a na począ tku lat 90. komisja ochrony zabytkó w i wł adze rozważ ał y rozbió rkę budynku. Ku uciesze wiernych i zatroskanych mieszkań có w ś wią tynia został a uratowana, aw 1994 roku rozpoczę to prace rekonstrukcyjne. W pierwszej kolejnoś ci naprawiono krokwie i dach oraz przywró cono elewację . Konserwatorzy Slavikova zajmowali się projektowaniem artystycznym po renowacji. Prace zakoń czono w 2004 roku, a koś ció ł został udostę pniony zwiedzają cym.
W 2006 roku podję to decyzję o przeniesieniu koś cioł a do greckokatolickiego egzarchatu apostolskiego w celu stworzenia warunkó w do kultu i ż ycia wspó lnotowego. Od 2009 roku wierzą cy z Ukrainy, Sł owacji i innych krajó w mieszkają cy w Pradze uczę szczają na naboż eń stwa i spotkania z okazji ś wią t koś cielnych. Naboż eń stwa prowadzone są w ję zyku sł owackim i starosł owiań skim.