У 1347 році Карл IV підписав указ про заснування на правому березі Влтави Нового Міста. Костел був першим храмом на цій території. Він був названий на честь короля Генріха ІІ Святого і його дружини Кунгути Люксембурзької. Комплекс, що складався з церкви з дзвіницею, житла священика, парафіяльної школи і кладовища, був зведений у 1348 році. Його урочисте освячення при участі першого празького єпископа Арношта з Пардубіце відбулось у 1351 році. Під час Гуситських воєн костел належав гуситам, потім перейшов під контроль утраквістів, а пізніше був повернутий римо-католицькій церкві.
Тринефна будівля костелу зведена з каменю. Вхід до церкви прикрашає скульптура Яна Непомуцького роботи Михайла Брокофа і статуя св. Іуди Тадеуша роботи невідомого автора - обидві 1709 року. На головному вівтарі зображені покровителі церкви: св. Йіндржіх стоїть на колінах і молиться за долю Праги під час шведської облоги, а св. Кунгута готується встати на розпечений леміш в знак доказу своєї вірності і невинності.
Під час реконструкції в XVIII столітті інтер'єр костелу уособлював бароковий стиль. Він був доповнений роботами видатних чеських майстрів: художників Вацлава Райнера і Карела Шкрета, скульптора Яна Бендля. Наступна значна перебудова відбулася в 1875-1879 роках, коли церква разом з окремою Йіндржішською вежею була реконструйована архітектором Йозефом Мокером.
При цьому були знесені шатрова покрівля і ренесансні частини декору, а кладовище перетворено в парк. Пізніше західну частину костелу доповнили ренесансний нартекс і барокові бічні капели. Сьогоднішній вигляд церкви являє собою результат неоготичних перебудов і реконструкцій XIX-початку XX століття.
Поряд з костелом 25 квітня 2014 року був освячений хачкар на честь вірменсько-чеської дружби. Подарував цей пам’ятник вірменській громаді Чехії і Праги каталікос всіх вірмен Гарегін Другий. Хачкар виготовлений з вірменського туфу.
W 1347 roku Karol IV podpisał dekret ustanawiają cy nowe miasto na prawym brzegu Weł tawy. Koś ció ł był pierwszym koś cioł em na tym terenie. Został nazwany na cześ ć kró la Henryka II Ś wię tego i jego ż ony Kunguty z Luksemburga. Kompleks, na któ ry skł adał się koś ció ł z dzwonnicą , rezydencja księ dza, szkoł a parafialna i cmentarz, powstał w 1348 roku. Jego uroczysta konsekracja odbył a się w 1351 roku z udział em pierwszego biskupa praskiego Arnoš ta z Pardubic. W czasie wojen husyckich koś ció ł należ ał do husytó w, nastę pnie przeszedł pod kontrolę utrakwistó w, a pó ź niej został zwró cony Koś cioł owi rzymskokatolickiemu.
Tró jnawowy budynek koś cioł a zbudowany jest z kamienia. Wejś cie do koś cioł a zdobi rzeź ba Jana Nepomucena dł uta Michaela Brokoffa oraz figura ś w. Judasz Tadeusz prace nieznanego autora – oba w 1709 r. Oł tarz gł ó wny przedstawia patronó w koś cioł a: ś w. Jindrich klę czy i modli się o los Pragi podczas szwedzkiego oblę ż enia, a ś w.
Kunguta przygotowuje się do stania na gorą cym lemieszu na znak swojej lojalnoś ci i niewinnoś ci.
Podczas przebudowy w XVIII wieku wnę trze koś cioł a przybrał o styl barokowy. Uzupeł nił y ją prace wybitnych czeskich mistrzó w: artystó w Vaclava Rainera i Karela Š kreta, rzeź biarza Jana Bendla. Kolejna znaczą ca przebudowa miał a miejsce w latach 1875-1879, kiedy to architekt Josef Moker przebudował koś ció ł wraz z osobną wież ą Jindř iš a.
W tym samym czasie rozebrano dach namiotowy i renesansowe elementy wystroju, a cmentarz zamieniono na park. W pó ź niejszym okresie zachodnią czę ś ć koś cioł a uzupeł niono renesansowym babiń cem i barokowymi kaplicami bocznymi. Dzisiejszy wyglą d koś cioł a jest wynikiem neogotyckich przebudó w i przebudó w z XIX-począ tku XX wieku.
25 kwietnia 2014 r. w pobliż u koś cioł a poś wię cono chaczkar na cześ ć przyjaź ni ormiań sko-czeskiej.
Pomnik ten podarował społ ecznoś ci ormiań skiej Czech i Pragi Katolikos Wszystkich Ormian Garegin II. Khachkar jest wykonany z tufu ormiań skiego.